המכון מרכז פעילות בתחום מחלות מערכת העיכול: טיפול בחולים עם מחלות כרוניות ומעקב, מרפאה מייעצת למטופלים אמבולטוריים ומאושפזים.
כמו כן פועלת מרפאת כבד אשר מרכזת חולים עם בעיות הפטולוגיות, מבוצע בירור מלא, כולל ביופסיות כבד, וניתן טיפול מתאים ברמה של סטנדרטים עולמיים (כולל טיפול בהפטיטיס ויראלית מסוג B ו- C).
במסגרת פעילות המחלקה פועל מכון אנדוסקופי בו מבוצעות בדיקות של מערכת העיכול (גסטרוסקופיה, קולונוסקופיה) וכן מבוצעות פעולות טיפוליות כגון כריתת פוליפים, עצירת דימומים, קשירת דליות בוושט, הוצאת גופים זרים, החדרה והחלפה של גסטרוסטום ורבים אחרים.
כמו כן מבוצעות במכון גסטרו (בשיתוף עם מחלקת דימות) פעולות בדרכי מרה (ERCP) שמטרתם אבחון וטיפול במחלות דרכי מרה ולבלב.
המחלקה מצוידת במכשירים מודרניים, צוות המחלקה מיומן ואדיב. במסגרת המכון שרות מיוחד לגסטרואנטרולוגיה ילדים, המופעל בראשותו של ד"ר אבי און, מנהל יח' גסטרו ילדים (פירוט בעמוד היחידות הרפואיות).
זימון תור למרפאה